Per secoli il nome di Heracleion è rimasto a metà tra realtà e leggenda: una città inghiottita dal Mar Mediterraneo e rimasta sepolta nella sabbia e nel fango per più di 1.200 anni. Nel 2000, però, quella che gli antichi egizi chiavano Thonis è stata scoperta a 30 metri sotto il livello del mare, ad Abukir, vicino ad Alessandria.

Dopo ricerche geofisiche durate oltre 4 anni e 13 anni di scavi, il team di archeologi dello IEASM, European Institute for Underwater Archeology, ha continuato progressivamente a svelarne tutti i segreti. I reperti riemersi dalle acque sono ben conservati e raccontano di una città molto florida e vivace, centro nevralgico del commercio internazionale, che era anche un attivo centro religioso.

Pare che Thonis-Heracleion fosse uno snodo obbligatorio per gli scambi di merci e beni tra il Mediterraneo e il Nilo. I ricercatori hanno dissotterrato dal fango della baia 64 antichi relitti di navi e più di 700 ancoraggi, oltre a monete d'oro, pesi da Atene e stele giganti, scritte in egiziano e greco antico. Ancora, sono stati rinvenuti alcuni manufatti religiosi, tra cu una scultura in pietra di 16 piedi (che si pensa potesse ormare il centro della città).

Quello che gli studiosi non riescono ancora a spiegarsi è perché Heracleion sia affondata. Secondo l'ipotesi più accreditata, il peso di grandi edifici (costruiti su un terreno argilloso) potrebbe averne causato lo sprofondamento, probabilmente a seguito di un terremoto.