Arrivano su Messenger le chat segrete. Gli utenti, adesso, possono contare su "Secret Conversations", il sistema di crittografia che rende la chat a prova di spia. Questo tipo di sistema è chiamato "end-to-end", cioè da un dispositivo all'altro, e rende leggibili i messaggi solo sui telefoni delle persone che stanno comunicando.
Aggiornando Messenger, gli utenti che scrivono un nuovo messaggio trovano in alto a destra il disegno di un lucchetto: selezionandolo, possono iniziare una conversazione segreta e, se si seleziona l'icona dell'orologio, si può anche impostare un periodo di tempo (da 5 secondi a 24 ore) trascorso il quale il messaggio si autoeliminerà. A differenza di WhatsApp, che ha attivato l'opzione in automatico, le chat segrete chat Messenger vanno attivate manualmente, di volta in volta.