Prima dell’arrivo dell’uomo la Sicilia, e in particolar modo l’area del palermitano, era popolata da numerose specie di mammiferi oggi estinti. Al Museo sono conservate alcune parti anatomiche di questi esemplari: un omero di ippopotamo (Hippopotamus pentlandi), specie endemica di Sicilia e Malta, la cui provenienza è ignota; un molare di elefante (Helephas mnaidriensis), una specie di dimensioni ridotte, anch’essa nota solo in Sicilia e a Malta, ritrovato nella zona di via Villafranca a Palermo, e un’emimandibola di iena (Hyaena crocuta) proveniente da Boccadifalco (Palermo).
Le forti variazioni climatiche che caratterizzarono il Pleistocene provocarono cambiamenti ciclici dell’ambiente e di conseguenza delle faune che lo popolavano, causando estinzioni e migrazioni, alternativamente a favore di specie tipiche di climi rigidi o di climi caldi. In periodi di clima più caldo la Sicilia era popolata da specie tipiche di climi sub-tropicali: cosi si spiega la presenza di elefanti, ippopotami, iene ecc. Inoltre le oscillazioni del livello del mare che avvenivano tra una glaciazione e l’altra causarono alternativamente l’isolamento o il congiungimento della Sicilia alla penisola italiana e all’estensione del territorio sino a includere Malta; ciò è comprovato dal fatto che le specie di elefante e di ippopotamo trovate in Sicilia sono le uniche e le stesse rinvenute a Malta.
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