WhatsApp è uno dei sistemi di messaggistica più utilizzati dagli utenti, eppure è anche uno dei meno sicuri dal punto di vista della privacy. Lo dice il rapporto dell'Electronic Frontier Foundation, che ha evidenziato come non sia sicura. L'EFF ha elaborato un sistema di controllo dei dati tra le varie piattaforme utilizzate, che assegna un massimo di cinque stelle (che equivalgono al massimo della sicurezza): WhatsApp ha ottenuto una sola stella.  In particolare, all'app si rimprovera il fatto di non essere molto chiara a proposito di cessione e archiviazione dei dati. Secondo gli esperti, WhatsApp è sempre in tempo per migliorare e dovrebbe comunque informare gli utenti in modo più chiaro, per fargli sapere che fine fanno i loro dati e chi ne può disporre.